Cơ cấu tổ chức

I Các tổ chức chức năng
1 Phòng Tổ chức cán bộ
2 Phòng Kế hoạch tổng hợp
3 Phòng Điều dưỡng
4 Phòng Tài chính kế toán
5 Phòng Vật tư – Kỹ thuật – Thiết bị y tế
6 Phòng Hành chính quản trị
7 Phòng Công nghệ thông tin
8 Phòng Công tác xã hội
9 Phòng Quản lý chất lượng
10 Phòng Hợp tác quốc tế
11 Phòng Truyền thông và Chăm sóc khách hàng
II Các tổ chức lâm sàng
1 Khoa Khám bệnh đa khoa
2 Khoa Khám bệnh chuyên khoa
3 Khoa Khám và Điều trị 24 giờ
4 Khoa Điều trị tích cực nội khoa
5 Khoa Điều trị tích cực ngoại khoa
6 Khoa Gây mê hồi sức
7 Khoa Quốc tế
8 Khoa Điều trị tự nguyện B
9 Khoa Điều trị tự nguyện C
10 Khoa Thần kinh
11 Khoa Nội tiết – Chuyển hóa – Di truyền
12 Khoa Thận và Lọc máu
13 Khoa Ngoại tổng hợp
14 Khoa Tiết niệu
15 Khoa Y học cổ truyền
16 Khoa Tai – Mũi – Họng
17 Khoa Răng – Hàm – Mặt
18 Khoa Mắt
19 Khoa Phục hồi chức năng
20 Khoa Chỉnh hình nhi
21 Khoa Miễn dịch – Dị ứng – Khớp
22 Khoa Sọ mặt và Tạo hình
23 Khoa Cấp cứu và Chống độc
24 Khoa Hồi sức cấp cứu sơ sinh
25 Khoa Truyền nhiễm
26 Khoa Tiêu hóa
27 Khoa Dinh dưỡng lâm sàng
28 Khoa Gan mật
29 Khoa Nội soi
30 Khoa Tâm thần
31 Khoa Hô hấp
III Các tổ chức cận lâm sàng
1 Khoa Giải phẫu bệnh
2 Khoa Chẩn đoán hình ảnh
3 Khoa Sinh hóa
4 Khoa Huyết học
5 Khoa Vi sinh
6 Khoa Truyền máu
7 Khoa Di truyền và Sinh học phân tử
8 Khoa Nghiên cứu Sinh học phân tử các bệnh truyền nhiễm
IV Các tổ chức hỗ trợ
1 Khoa Dược
2 Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn
3 Khoa Dinh dưỡng tiết chế
4 Nhà thuốc Bệnh viện
V Các tổ chức đặc thù
5.1 Viện Nghiên cứu sức khỏe trẻ em
5.1.1 Phòng Tổng hợp
5.1.2 Phòng Quản lý nghiên cứu khoa học
5.1.3 Phòng Quản lý đào tạo
5.2 Các Trung tâm
5.2.1 Trung tâm Phẫu thuật nội soi Nhi khoa
5.2.2 Trung tâm Chỉ đạo tuyến Nhi khoa
5.2.2.1 Phòng Tổng hợp
5.2.2.2 Phòng Chỉ đạo tuyến
5.2.2.3 Phòng Đào tạo
5.2.3 Trung tâm Tim mạch trẻ em
5.2.3.1 Phòng Tổng hợp
5.2.3.2 Khoa Khám và chẩn đoán các bệnh tim mạch
5.2.3.3 Khoa Nội tim mạch
5.2.3.4 Khoa Hồi sức cấp cứu tim mạch tổng hợp
5.2.3.5 Khoa Phẫu thuật – Gây mê hồi sức tim mạch
5.2.3.6 Khoa Hồi sức ngoại tim mạch
5.2.3.7 Đơn vị Can thiệp tim mạch
5.2.3.8 Đơn vị Điện sinh lý
5.2.4 Trung tâm Ung thư – Huyết học Nhi khoa
5.2.4.1 Văn phòng trung tâm
5.2.4.2 Phòng khám chuyên khoa và điều trị ban ngày
5.2.4.3 Khoa Ung thư
5.2.4.4 Khoa Huyết học Lâm sàng
5.2.4.5 Đơn vị Ghép tế bào gốc
5.2.4.6 Đơn vị Xạ trị và y học hạt nhân
5.2.4.7 Đơn vị Giảm đau và chăm sóc giảm nhẹ
5.2.5 Trung tâm Thính học và Trị liệu ngôn ngữ trẻ em
5.2.6 Trung tâm Sàng lọc sơ sinh và Quản lý bệnh hiếm
5.3 Tạp chí Nghiên cứu và Thực hành Nhi khoa (Thuộc Viện Nghiên cứu sức khỏe trẻ em)